Não prospera a tese, data venia.
Vale anotar, antes de tudo, que o fato de ter sido formalizado acordo com o Ministério Público quanto ao intervalo, inclusive em limites abaixo do mínimo legal garantido, não inibe que o Judiciário, incidentalmente, analise a validade e eficácia do acordado, pois isso não impede o trabalhador reivindicar por meio de ação individual eventual direito, não havendo cogitar de coisa julgada (arts. 103 e 104 da Lei 8.076/90).
E no caso concreto, sequer houve ação, mas mera formalização de acordo em termo de ajustamento de conduta o que afasta por completo a tese da existência de coisa julgada.