Isto porque, segundo o Colendo Superior Tribunal de Justiça, coadunando-se ao posicionamento da Suprema Corte, a competência é determinada independentemente da discussão se a verba foi incorporada ou não ao patrimônio do Município. O ente fiscalizador dos recursos é a União, por meio do Ministério da Saúde e seu sistema de Auditoria, conforme determina o art. 33, § 4º, da Lei n.º 8.080/90:
Art. 33. Os recursos financeiros do Sistema Único de Saúde (SUS) serão depositados em conta especial, em cada esfera de sua atuação, e movimentados sob fiscalização dos respectivos Conselhos de Saúde. (.)
§ 4º O Ministério da Saúde acompanhará, através de seu sistema de auditoria, a conformidade à programação aprovada da aplicação dos recursos repassados a Estados e Municípios. Constatada a malversação, desvio ou não aplicação dos recursos, caberá ao Ministério da Saúde aplicar as medidas previstas em lei.